La expedición del segundo viaje de Colón al Nuevo Mundo se llevó una terrible decepción al encontrarse el Fuerte Navidad destruido y sus hombres asesinados por los nativos. Colón pensaba que cuando llegasen se encontrarían ya gran parte del trabajo hecho: establecimiento de relaciones económicas y personales con los nativos, búsqueda de oro y otros productos, abastecimientos, etc. Pero nada de esto se cumplió. No había servido de nada dejar a los 40 hombres allí durante un año. Había que empezar de cero.

Además ya no sería posible desembarcar y montar la nueva ciudad en esa zona, los nativos podrían atacar de nuevo por lo que había que buscar un nuevo lugar. Dejaron la zona y navegaron hacia el este buscando alguna bahía o lugar resguardado donde poder colonizar.  Fueron explorando la costa y encontraron grandes rí­os y buenos puertos pero eran zonas de tierras bajas y pantanosas, con poca piedra con la que construir y difí­ciles de defender ante cualquier ataque, tanto por mar como por tierra.

Colón pensaba ir hasta Puerto Plata, donde en su primer viaje habí­a visto algunas zonas interesantes para asentar la colonia, pero unas tormentas, tras pasar el puerto de Montecristi, le obligaron a refugiarse en un pequeño recodo que casualmente le pareció adecuado para lo que buscaban, con un puerto natural interesante, algo abierto al noroeste, una llanura repleta de vegetación abundante, fértiles tierras, temperatura suave y templada y una peña muy bien posicionada donde poder construir una fortaleza. Esta porción de costa tení­a dos rí­os cercanos, uno caudaloso y otro más pequeño (el Bajabonico) cuyo agua podrí­an desviar fácilmente para abastecer a la ciudad.

Otra de las ventajas que vieron a este emplazamiento fue que a esa altura más o menos, a unos kilómetros al sur según indicaciones de los indí­genas, se encontraban las famosas minas de oro del Cibao, por lo que serí­a más fácil encontrarlas y también su explotación.

Las tripulaciones, tras casi tres meses metidos en los barcos, desembarcaron con visible alivio y descargaron todos los pertrechos para comenzar con la construcción de la nueva ciudad, primer asentamiento oficial español en América y cabeza de puente para la colonización del continente. Aunque Colón no pensaba quedarse ahí­, su obsesión seguí­a siendo encontrar señales y pruebas de que se encontraba en Asia, si bien cada vez era más evidente que no era así­.

Una vez en tierra, el Almirante repartió solares entre todos, tiró lí­neas y trazó calles.  Empezaron con la construcción de un templo, un hospital, un almacén de provisiones y una casa para el genovés, todas estas de piedra. El resto de viviendas serí­an construidas con maderas y otros materiales ligeros. En total se llegaron a construir unas doscientas casas en apenas cuatro dí­as. Toda una proeza.

La ilusión y las esperanzas dieron fuerzas a todos, pero pronto muchos de los habitantes comenzaron a enfermar, no sólo por la falta de adaptación al medio sino también por el debilitamiento fí­sico derivado del tremendo viaje realizado desde España, sobre todo para gente no acostumbrada a surcar los mares. Además la alimentación era muy mala y no ayudaba a recuperarse. Se ha investigado mucho esta epidemia que atacó a esta expedición y se he llegado a la conclusión de que una piara de 8 cerdos subidos a bordo de una de las naves en la isla de Gomera fue la posible causante  de una epidemia de influenza porcina que enfermó a cientos de españoles y terminó extendiéndose por toda la isla afectando a los nativos.

El 6 de enero de 1494 fue oficialmente fundada la villa de la Isabela, nombre en honor de la reina Isabel, con una misa oficiada por fray Bernardo Buil y sus frailes. Fue nombrado alcalde el capitán de la nao Marigalante, Antonio de Torres, persona de confianza de Colón. Pocos meses después fue creado el primer cabildo de América presidido por Diego Colón, hermano del Almirante, y con Fray Bernardo Buil y otros como vocales.

Lo que no sabí­an era que la existencia de este primer centro urbano iba a tener una vida muy efí­mera. En menos de cinco años habrí­a sido abandonada y convertida en una auténtica ciudad fantasma. Los hallazgos de minas de oro en el sur de la isla llevaron a los colonos hacia esa zona fundándose la ciudad de Santo Domingo de Guzmán.

Ubicación geográfica exacta de la antigua Isabela: