El 3 de septiembre de 1501, llevando tan sólo un año Don Francisco de Bobadilla en el poder, los Reyes Católicos deciden prescindir de sus servicios y nombran al Comendador de Lares Frey Nicolás de Ovando, extremeño de Brozas, gobernador de las Indias y Tierra Firme, excepto de las dos gobernaciones concedidas a Alonso de Ojeda (Coquibacoa) y Vicente Yáñez Pinzón (costa norte actual Brasil), en cuyas jurisdicciones nunca llegó a haber una administración al estilo de la Española.
La labor de Bobadilla, si bien había sido positiva en términos generales, tuvo varios puntos oscuros que llevaron a los Reyes a decidir su cese. El mal trato dispendido a Cristóba Colón y sus hermanos y el embargo de sus bienes no gustaron nada, sobre todo a la reina Isabel, y su política fiscal de disminuir las tasas e impuestos que grababan la extracción de oro no terminaron de convencerles a pesar de que la mejoría en los rendimientos económicos de la isla fueron importantes. Igualmente las rebeliones indias en el Higüey no cesaron y Bobadilla no consiguió aplacarlas de ninguna de las maneras.
El nuevo gobernador salió de Cádiz el 13 de febrero de 1502 al mando de la mayor flota jamás enviada al Nuevo Mundo: treinta naves (cuatro naos y veintiséis carabelas), mil doscientos españoles, entre los que podemos encontrar a funcionarios reales, médicos, boticarios, albañiles, carpinteros, familias de agricultores, frailes franciscanos, etc. Fue organizada por el obispo de Badajoz, Juan Rodríguez Fonseca y en ella transportaban gran cantidad de enseres, herramientas, semillas y animales, entre ellos cincuenta y nueve caballos, para potenciar la colonización y el poblamiento de la isla.
Fue también la más costosa y tuvo que ser financiada por las arcas reales ya que debido a los numerosos incidentes, rebeliones y problemas acaecidos en la Española pocas entidades privadas estaban dispuestas a realizar inversiones en semejante aventura.
Llegaron a Santo Domingo el 15 de abril de 1502. Ovando Llevaba órdenes muy precisas de los Reyes Católicos cuyo objetivo era el de iniciar y consolidar un auténtico proceso colonizador en la isla Española:
– Pacificación de la isla mediante el sometimiento definitivo de los cacicazgos de Jaragua y Higüey.
– Fundaciones de nuevas villas y ciudades con el objetivo de reunir a la población española en núcleos urbanos ya que hasta la llegada de Ovando casi toda ella estaba desperdigada por las zonas rurales.
– Exploración y reconocimiento de las Antillas cercanas. Cuba y Puerto Rico fueron objetivo primordiales a los que se envió al capitán Sebastián de Ocampo y Juan Ponce de León respectivamente.
– Establecimiento de las encomiendas o repartimientos de indios. Se reformó la encomienda y el repartimiento dándole un aspecto más humano, por iniciativa de la reina Isabel, tratándolos no como siervos sino como personas libres y súbditos de la corona, con derecho a educación y un salario digno por su trabajo.
Tambien llevaba órdenes expresas de restablecer el patrimonio de Cristóbal Colón en la isla que había sido expropiado y vendido por Bobadilla tras las pesquisas realizadas e inicar un juicio de residencia justo al mismo por sus acciones de gobierno.
Con su llegada se abre un nuevo período de asentamiento y consolidación de la presencia española en el mar Caribe mediante el desarrollo de una economía y una administración que permitiese la gestión óptima de los recursos. Es el verdadero inicio de la conformación de la nueva sociedad hispanoamericana.