El primer europeo en tener contacto con el río Amazonas fue Vicente Yáñez Pinzón, que en la expedición que realizó en el año 1500 llegó a su desembocadura navegando desde las Antillas. Entonces lo denominó río Santa María de la Mar Dulce o río Grande de la Mar Dulce. Más tarde llegaría el portugués Pedro Álvares Cabral que tomó posesión de estas tierras en nombre de la corona portuguesa pero no llegaron a colonizar ni a fundar población alguna debido a que la expedición iba camino a la India, no fue un descubrimiento intencionado. El gran curso fluvial en todos sus puntos se quedó tranquilo durante varios años más.

Después, durante la conquista del reino de Quito por Sebastián de Benalcázar, llegaron a oídos de los conquistadores españoles noticias del Dorado; un lugar mágico en donde un cacique nativo se cubría el cuerpo de oro y se bañaba en una laguna. El ansiado metal se precipitaba al fondo, lo que hacía suponer que dicha laguna estaría repleta del mismo. Ese mismo Dorado también recibió el nombre del País de la Canela por la cantidad de árboles de este tipo que se supone que lo poblaban. La canela en aquellos tiempos era una especia muy valorada en Europa y su comercio traería inmensas riquezas a sus propietarios.

Para encontrar este mágico y ansiado lugar se organizó una primera expedición en septiembre de 1538 comandada por Gonzalo Díaz de Pineda y compuesta por 130 soldados y 45 caballos. Partieron de Quito y atravesaron la cordillera andina llegando hasta el volcán de Sumaco, pero en todo ese recorrido de casi 1000 km no lograron encontrar nada reseñable por lo que, frustrados, decidieron retornar con las manos vacías.  El capitán Díaz de Pineda volvió a intentarlo pero tuvo que suspender los preparativos ante la llegada de Gonzalo Pizarro como gobernador  de Quito. Éste también quiso poner su granito en encontrar ese Dorado. Organizó una expedición con 220 españoles, 4000 indios auxiliares y 150 caballos. Entre ellos se encontraba su paisano de la ciudad extremeña de Trujillo el capitán Francisco Orellana que había fundado la ciudad de Guayaquil y fue teniente de gobernador de Pizarro en la región de Culata.

Partieron de Quito en febrero de 1541 a pie y se dirigieron directamente hacia la Cordillera Andina. Pasaron por Quijos y Sumaco y tras sufrir numerosas penurias y problemas llegaron al río Coca en julio de 1541. Allí construyeron un bergantín al que bautizaron como San Pedro cuya utilidad fue la de transportar los heridos, enfermos y suministros y así aligerar el paso de los que iban a pie por tierra. El tiempo fue pasando y terminó llegando el hambre. Los víveres comenzaron  a escasear y la situación se tornó crítica.  Había que decidir si volver o continuar y ante esta disyuntiva Francisco de Orellana se presentó ante Gonzalo Pizarro y se ofreció voluntario para continuar río abajo, encontrar alguna aldea nativa, conseguir alimentos y volver con los mismos. Pizarro accedió no sin algunas dudas, pero no había otra opción para poder continuar con la búsqueda del Dorado. Orellana partió en el San Pedro el 26 de diciembre de 1541 llevándose consigo 57 hombres y al dominico Fray Gaspar de Carbajal, que sería el cronista de la jornada.

Sin darse cuenta el bergantín descendió el río Coca y se adentró en el río Napo. Al poco encontraron un aldea nativa en la que obtuvieron alimentos para recuperar fuerzas y disponer de reservas de víveres para volver con los compañeros que quedaron atrás. Pero entre la tripulación, tras la larga travesía, se extendió la idea de que volver contracorriente era prácticamente imposible, incluso suicida, por lo que optaron por reclamar al capitán Orellana continuar el viaje siguiendo la corriente del río. Según las malas lenguas Orellana se resistió al principio fingiendo que él quería volver pero al final se convenció y decidieron seguir adelante por su cuenta y riesgo.

El 12 de febrero de 1542, fiesta de Santa Eulalia, se encontraron en un gran río al que posteriormente llamarían de las Amazonas. Atracaron en la región de Aparia la Mayor y allí Orellana renunció a la capitanía que ostentaba y fue nombrado por sus compañeros caudillo  rompiendo su lazo político y militar con Gonzalo Pizarro. Ahora era independiente para ordenar y decidir qué hacer y qué no.

Construyeron un segundo bergantín llamado el Victoria y prosiguieron la navegación. Entablaron combate con varias tribus, entre ellas, según cuentan los cronistas,  una formada por mujeres guerreras que les causaron muchos daños y fue por ellas que el río pasó a nombrarse Río Grande de las Amazonas. Si bien no hay fundamento para afirmar que, efectivamente, fueron mujeres las que les atacaron, lo más lógico es que fueran hombres más blancos de lo normal en la región y con el pelo largo lo que les llevó a confundirles y confirmar con ello una leyenda de una tribu de mujeres sobre la que ya habían oído hablar anteriormente. Todo esto ocurrió el 24 de junio. Dos meses después, el 24 de agosto, encontraron el Océano Atlántico. Habían transcurrido 18 de meses desde que había partido de Guayaquil. Francisco de Orellana había logrado recorrer el río más largo y caudaloso del mundo. Una hazaña irrepetible y que gracias a las notas recogidas y los datos guardados proporcionaron una nueva dimensión a Sudamérica y situaron toda la región amazónica en los mapas de todo el mundo.

Pero aquí no terminó todo. Orellana sabía que ahora iba a tener problemas con Gonzalo Pizarro, que era el verdadero organizador de la expedición, para reclamar sus derechos sobre las nuevas tierras descubiertas, y para ello trazó un plan que puso en ejecución inmediatamente.

Después de costear hasta la isla de Cubagua, en donde dejó a sus hombres, marchó a España y se presentó ante el Consejo de Indias solicitando la conquista del País de las Amazonas y rápidamente preparó una nueva expedición de 4 barcos que partieron en 1544 del puerto de Sanlúcar de Barrameda. Pero jamás llegó a disfrutar de sus conquistas. En esa expedición, llegando a la boca del río que había descubierto, unas fiebres acabaron con su vida en 1546 y dieron al traste con su expedición y con sus planes.