Tras la batalla de la Vega Real la isla quedó pacificada y durante un año no se produjo ningún incidente a tener en cuenta. Para controlar militarmente la isla se fundaron varios fuertes en puntos estratégicos: Santo Tomás, Magdalena, Concepción, Santa Catalina y Bonao, que la atravesaban de norte a sur.
Los distintos caciques fueron sometiéndose a la autoridad castellana. Sólo Behechio, el cacique de Jaragua y cuñado de Caonabo se resistió y se retiró a su territorio con su hermana Anacaona, bella princesa que terminó teniendo gran influencia en acontecimientos futuros. Pero como dicho territorio quedaba bastante lejos de la zona de influencia española no se tomaron medidas contundentes contra él. Había otros asuntos más importantes que solucionar.
Con el objetivo de empezar a obtener rentas lo antes posible Colón impuso tributo a las tribus nativas. En las zonas mineras cada persona mayor de catorce años debía de pagar trimestralmente un cascabel lleno de polvo de oro, y los caciques media calabaza llena con el mismo material. Si la tribu se asentaban en zonas no auríferas tenían que aportar una arroba de algodón trimestral. Cuando realizaban el pago se les entregaba una pequeña medalla de cobre a modo de justificante de pago que debían de llevar colgada. Los que no la llevaban podían ser detenidos e investigados. Estas obligaciones supusieron un brutal cambio en la tranquila y apacible vida de estas tribus ya que ahora tendrían que trabajar duro para conseguir cumplir con ellas y no sabían muy bien cómo y dónde conseguirlo. Si bien ya pagaban tributo a los caciques principales pero normalmente eran a cambio de alistarse en batallas o con tributos más ligeros y fáciles de cumplir.
Los caciques protestaron y tras negociar con el almirante accedió a rebajar las pretensiones fiscales a la mitad. Aún así para ellos suponía un cambio demasiado drástico y muchos comenzaron a huir hacia las montañas donde sabían que los españoles no podrían someterles tan fácilmente y así librarse de esa carga.
Antes de partir el almirante nombró en La Isabela a sus hermanos Bartolomé como Adelantado y a Diego como gobernador, y como alcalde mayor a Francisco Roldán. El almirante dejó encargado a Bartolomé explorar y encontrar otra zona donde construir una nueva ciudad llamada Nueva Isabela, la futura Santo Domingo. La Isabela se encontraba en una zona insalubre y de mal clima por lo que dicho cambio era imprescindible para mejorar las condiciones de la colonización. Ya muy complicadas de por sí por la mala salud general de la gente y el hambre que continuamente les perseguía a pesar de que Colón en sus descripciones iniciales entregadas a los reyes describía la zona como riquísima y fertilísima. Misterios de la historia.