Tras casi cuatro años de descubrimientos, expediciones, encuentros y desencuentros, rebeliones, guerras, penalidades y sufrimientos Cristóbal Colón emprendió viaje de regreso a España el 10 de marzo de 1496 junto con 30 indios y 225 cristianos. Su prestigio en la península había caído, como dirían ahora, a niveles históricos. Las acusaciones de Pedro de Margarit y Fray Buil eran graves:
– Obligó a todos los colonos a trabajar duramente en épocas de hambruna y de enfermedades.
– Retuvo en los almacenes de la Isabela gran cantidad de alimentos cuando casi todos estaban pasando hambre.
– Aplicó duros castigos corporales por motivos zafios.
– No pagaba los sueldos acordados.
– Favoreció descaradamente a sus familiares y aliados.
Una de las primeras consecuencias de estas acusaciones fue la promulgación el 10 de abril de 1495 por parte de los Reyes Católicos de una real provisión según la cual cualquier súbdito español podía organizar y ejecutar viajes de descubrimiento a las regiones del Nuevo Mundo, terminando así con la exclusividad que disfrutaba, pero siempre respetando lo descubierto por el almirante. Pero éste protestó y logró que mediante una nueva Real Provisión emitida el 2 de junio de 1497 fuera revocada la anterior.
No está muy claro el motivo real de esta vuelta a España. Según él mismo y su hijo-cronista Hernando volvía principalmente para defenderse de estas acusaciones y ofrecer nuevas noticias sobre los grandes avances de las expediciones. Sin embargo, el cronista Fernández de Oviedo nos cuenta que este viaje fue por exigencia de Juan de Aguado, primer juez enviado por los Reyes Católicos para investigar qué estaba ocurriendo realmente en la isla y cuál estaba siendo la actuación de los hermanos Colón al frente del gobierno de la misma. Dicho juez volvió con Colón en este viaje.
Partieron hacia las islas de los caribes fondeando en la isla de Guadalupe para obtener agua y víveres con que afrontar el largo viaje. Allí se encontraron con muchas mujeres caribes armadas que intentaron atacarles pero gracias a unos indios que llevaban con ellos y que sabían hablar su idioma pudieron entenderse con ellas y calmar los ánimos. Se avituallaron y prosiguieron viaje el 20 de abril llegando a Cádiz el 11 de junio de 1496 tras una dura travesía.
Fue recibido en la Casa del Cordón de Burgos por los Reyes Católicos en donde se encontraban organizando la boda de su hijo, el príncipe Don Juan, con Margarita de Austria, hija del emperador Maximiliano. Colón preparó todo un espectáculo rodeado de los indígenas que había llevado, con plantas y aves tropicales y él vestido de fraile franciscano, probablemente tratando de resaltar la misión evangelizadora que estaba realizando en las nuevas tierras descubiertas ya que no podía aportar muchas otras cosas. Todo un vendedor.
El almirante ensalzó lo hecho en La Española para su pacificación y colonización y criticó severamente a los españoles, tanto a los que quedaron en la isla como a los que la habían abandonado sin su permiso mientras él se encontraba de expedición. Los reyes se mostraron satisfechos con ello y no dijeron más al almirante, si bien los testimonios que iban llegando por otros lados cada vez les tenían más preocupados, independientemente de que los resultados económicos estaban siendo nefastos: poco oro y mucha promesa.