Dejamos a Cristóbal Colón con la preocupación de la llegada de Ojeda a la costa occidental de la Española. Envió a su alcaide Francisco de Roldán a pedirle explicaciones e invitarle a que sacase sus pies de la isla. Lo que no sabí­a es que otras expediciones ya estaban en marcha y otras más en preparación, fueron los llamados Viajes Andaluces que pusieron fin a la exclusividad de viajar al Nuevo Mundo que tenía Colón.

Pero al Almirante le surgieron otros problemas en la isla. Otros conocidos personajes de la misma  se opusieron vivamente a él y a su forma de gobernar. Por ejemplo, Hernando de Guevara y Adrián de Mújica. El primero se rebeló contra Roldán por un lí­o de faldas con la bella hija de Anacaona, de la que según dice Bartolomé de las Casas ambos estaban enamorados, y el segundo se levantó junto a Pedro de Riquelme para proteger a Guevara, del cuál era primo. Todos estos rebeldes fueron capturados y condenados a muerte y conducidos a la fortaleza de Santo Domingo (la que había en la orilla este del río, no la actual, la fortaleza Ozama, construída posteriormente), excepto Hernando de Guevara que fue ejecutado en la misma Concepción, en donde se encontraba Colón. El reo fue ajusticiado con ciertas prisas siendo lanzado desde las murallas del fuerte.

Mientras tanto, durante los meses anteriores, no dejaron de llegar malas noticias a Castilla en boca de los que iban volviendo de su aventura nuevomundiana. Quejas de maltratos, trabajos indignos, incumplimiento de compromisos, brutalidad, injusticias y nepotismo obligaron a los Reyes Católicos a tomar medidas severas. Ya habí­an enviado a un primer juez pesquisidor, D. Juan de Aguado, que volvió con informes negativos, aún así­ continuaron confiando en Cristóbal Colón como virrey y gobernador de la Española, pero ya las noticias que les llegaron de la rebelión de Francisco de Roldán colmaron el vaso de su paciencia y decidieron enviar a alguien con un mandato mucho más serio y con importantes órdenes que cumplir.

A primera hora del 23 de agosto de 1500 arribaron dos carabelas a la desembocadura del rí­o Ozama en Santo Domingo. Diego Colón, hermano del almirante, envió una barca para identificar a los recién llegados. La sorpresa fue mayúscula, el recién llegado era el Comendador Don Francisco de Bobabilla, que llegaba a la Española para “actuar contra los que se andaban alzados“. Nada más entrar en el rí­o pudo ver a cada lado de su desembocadura una horca con sendos españoles colgados. Una pésima primera puesta en contacto con el Nuevo Mundo.

El juez no desembarcó hasta el dí­a siguiente en el que acudió directamente a la misa que se ofrecí­a todos los dí­as y a la que asistió mucha más gente de lo normal para averiguar qué se estaba cociendo. Finalizada la misma hizo leer a su escribano una carta en las que los Reyes Católicos le ordenaban investigar a los rebeldes que se habí­an levantado contra Colón. Allí­ conoció Bobadilla a Diego Colón, que no habí­a tenido la deferencia de recibirlo en el puerto a su llegada, al que solicitó que le entregase los prisioneros encarcelados en la fortaleza así­ como toda la documentación del proceso contra ellos, al igual que los que Bartolomé Colón tení­a encerrados en un agujero en el suelo en Jaragua. Pero el hermaní­simo adujo no tener potestad para obedecer esa orden negándose a ello y emplazando su cumplimiento a la llegada del Almirante.

Al dí­a siguiente se repitió el mismo proceso, el Comendador fue directamente a misa y al finalizar fue leída otra provisión real, en la que el escribano comunicó a los presentes el nombramiento por los Reyes  Católicos de Bobadilla como gobernador de las Indias con plenos poderes, y se le ordenaba que pagase los salarios atrasados a los empleados reales y que pusiese orden en las cuentas del virreinato. Acto seguido de nuevo ordenó a Diego Colón que entregase los reos pero se volvió a negar, por lo que éste optó por asaltar directamente la fortaleza, tomándola sin mayores problemas.

Como el almirante no estaba en Santo Domingo hubo que avisarlo para que fuese al encuentro del nuevo gobernador. Tardó varios dí­as, en los que Colón trató de conseguir apoyos entre sus seguidores y los indí­genas para presentarse con un buen séquito en la ciudad y así­ echar a Bobadilla obligándole a volver a Castilla, lo cual suponí­a un evidente desacato de las órdenes reales. Pero no lo logró y tan sólo se pudo presentar en Santo Domingo con una veintena de seguidores. El encuentro se produjo el 15 de septiembre de 1500.

Colón tuvo que aceptar los mandatos reales y fue interrogado por Bobadilla sobre varios asuntos de la máxima urgencia:

– La razón por la que Hernando de Guevara, Pedro de Riquelme y el resto de hombres que Bartolomé Colón tení­a encerrados en un pozo en Jaragua y en dónde estaban los procesos para analizarlos: Colón dio largas diciendo que no tení­a esos procesos ya que eran simples casos de castigo y que si querí­a podí­a liberar a los reos; cosa que ya habí­a hecho el Comendador. Sobre los procesos de los ya ejecutados dijo que los habí­a llevado personalmente a Castilla pero allí­ no se tení­a noticia de los mismos. Los reyes le habí­an exigido al almirante que los procesos contra españoles fuesen enviados siempre a Castilla para ser así­ juzgados allí­ pero el Almirante se saltó esta exigencia con total alevosidad.

– ¿Cuánto era el oro que le correspondí­a a los reyes de los rescates realizados?: no supo decirles la cantidad exacta que les debí­a ya que aún no habí­a liquidado los pagos a los empleados reales.

– ¿Por qué no se habí­a pagado a los empleados reales?: con lo del oro real ya habí­a quedado respondida esta pregunta. No habí­a pagado nada a nadie, se había quedado con todo el oro recogido.

A principios del mes de octubre de 1500 los tres hermanos Colón, Cristóbal, Bartolomé y Diego fueron embarcados en la carabela Gorda, en la que precisamente habí­a llegado Bobadilla unas semanas antes, y llevados a Castilla para ser enjuiciados.

La siguiente tarea de Bobadilla serí­a abrir una pesquisa (investigación) para averiguar la verdad o falsedad de las principales acusaciones que se hací­an contra el gobierno de los Colón y poner orden en los asuntos administrativos de la isla. Una tarea ardua y que iba a necesitar de mucho aplomo y constancia, aunque es verdad que iba a contar con la plena colaboración de los españoles residentes allí­, los cuales acogieron los cambios con gran alegrí­a y esperanza.