Frey Nicolás de Ovando llegó a Santo Domingo en 1502 con las órdenes muy claritas de los Reyes Católicos de cómo sería su gobierno en las Indias. Se pueden resumir en dos puntos: poner orden en la administración, después de la desastrosa gestión de los hermanos Colón y Francisco de Bobadilla, y en la explotación de los recursos naturales de la isla Española y, algo que serí­a una constante en el llamado Imperio español americano, la creación de ciudades y núcleos urbanos de corte castellano que favorecieran el desarrollo polí­tico y económico de la isla, así­ como su control militar.

Con Ovando se inició el auténtico proceso de colonización de las Indias aplicando en ella los sistemas jurí­dicos y administrativos que ya se utilizaban en Castilla y en el resto de reinos hispánicos. A destacar entre otras las siguientes medidas:

– Restablecimiento de los tributos a la corona por el oro extraí­do. La corona pidió al principio la mitad del mismo pero Ovando negoció y finalmente fue la quinta parte (el Quinto Real).

– Establecimiento de una administración burocrática que registraba y controlaba todo lo que se hací­a y ocurrí­a con el fin principal de mantener informados a los reyes españoles.

– Fundación de ciudades con el modelo de municipio castellano: reconstruyó Santo Domingo, fundó Puerto de Plata, Salvaleón, Santa Cruz, Puerto Real, Lares de Guahabá, Santa Marí­a de la Vera Paz entre las más principales. También hay que destacar su impulso constructor sobre todo en Santo Domingo, donde repartió terrenos entre los españoles y construyó las primeras casa de piedra, incluida la suya propia y el primer hospital (San Nicolás de Bari), conventos, iglesias, atarazanas y otros edificios de carácter público donde desarrollar toda la actividad social, política y económica.

– El primitivo repartimento de tierras con indios es sustituido por la Encomienda en la que los indios, a petición de los reyes, trabajan por un sueldo digno a cambio de ser educados y evangelizados. Si bien este sistema dio pie a abusos que fueron rápidamente denunciados ante los reyes por los religiosos españoles y que llevaron a fuertes medidas legislativas reales de protección del nativo americano (testamento de la reina Isabel,  Leyes de Burgos de 1512, Leyes Nuevas de Indias de 1542 y otras disposiciones). A pesar de todos los esfuerzos legislativos de los monarcas españoles de proteger a los nativos fue para ellos imposible controlar los malos tratos y abusos a que fueron sometidos por algunas encomenderos y terratenientes.

– Promovió la entrada de buques y con esto el comercio internacional.

– Establecimiento del sistema Educativo dirigido por los padres Franciscanos.

– Durante este gobierno se creó en Sevilla la Casa de Contratación, organismo que monopoliza el comercio siendo representante en Santo Domingo Miguel de Pasamonte, quien ejercí­a como tesorero real.

– Organización de nuevas expediciones para explorar y colonizar Cuba, por Sebastián de Ocampo, y la isla de San Juan, por Ponce de León.

– Promovió la agricultura introduciendo numerosos cultivos europeos entre los que destacó la caña de azúcar. También introdujo la ganaderí­a importando desde España ganados porcino, bovino, caballar y mular; y además reorganizó la minerí­a para lo cual creó las fundiciones reales de oro trayendo a la Española técnicos y material especializado en la explotación mineral.

– Pacificó la isla venciendo las rebeliones en los cacicazgos de Xaragua y Higuey. Capí­tulo este por el que Ovando ha sido acusado de crueldad por la matanza que realizó en Xaragua contra los caciques más importantes de este cacicazgo. Cuentan que engañó a los nativos encerrándolos en una cabaña taí­na y la prendió fuego matando a todos los que habí­a en su interior. A la cacique Anacaona, famosa por entonces y ahora, la capturó y tras un juicio en Santo Domingo fue acusada de conspiración y se la ahorcó, al igual que poco después a Cotubanamá, cacique de Higüey, que también fue capturado y ahorcado en Santo Domingo.  Estos hechos hay que contemplarlos dentro de acciones de orden militar y de descabezamiento del enemigo. Esta serí­a una forma habitual de actuar de los soldados españoles (muy inferiores siempre en número a los ejércitos indí­genas): adelantarse a los acontecimientos y atacar directamente a los caciques o jefes nativos provocando la anarquí­a y la huí­da del enemigo aterrorizado al contemplar la derrota de sus jefes. Lo harí­a Cortés con Moctezuma y Cuauhtemoc, y Pizarro con  Atahualpa.

– Fue el primer importador de esclavos africanos a América para utilizarlos como mano de obra. Los reyes trataron de proteger a los indios impidiendo su esclavización por su graví­sima caí­da demográfica, provocada por las enfermedades, el nuevo régimen de explotación que les fue difí­cil de soportar, el mestizaje con los españoles, el abrupto descenso de nacimientos y la huí­da a las montañas que empeorarí­an más si cabe su frágil estilo de vida.

Nicolás de Ovando fue sustituido por el hijo de Cristóbal Colón, Diego Colón, en 1509, que reventarí­a muchos de los logros del Comendador como veremos más adelante.