Por mucho que a los aficionados y difusores de la leyenda negra no les guste, la corona española siempre intentó proteger a los indígenas de las Indias mediante una abundante y tupida legislación que trataba de evitar los numerosos abusos e injusticias que los colonos españoles cometían con ellos, principalmente por la falta de preparación y el desconocimiento que tenían de la legislación y los usos y costumbres europeos que fueron implementándose en el Nuevo Mundo tras su conquista.
Ya desde el principio de la Conquista los Reyes Católicos emitieron leyes protegiéndoles, como por ejemplo las Leyes de Burgos de 1512 y más tarde el rey Carlos I con las Leyes Nuevas de Indias
de 1542. En ellas se concedían privilegios a los indios en la tenencia de tierras y otros asuntos de carácter social pero había un problema, el ya comentado desconocimiento legislativo de la mayoría de indios y que apenas disponían de recursos económicos para poder recurrir a la justicia ordinaria si lo consideraban necesario.
Por ello, a finales del siglo XVI, en el virreinato de Nueva España el virrey Luis de Velasco, hijo, recibió la Real Cédula e Instrucciones, ambas de 9 de abril de 1591, para la creación del Juzgado General de Indios, una institución jurídica en la que los indios pudieran solicitar justicia gratuita y ser atendidos mediante un nuevo procedimiento más rápido y eficaz. Incluso para litigios entre españoles e indios se encargó que fuera el propio virrey el juez de primera instancia demostrándose con ello la preocupación de la corona en que la justicia fuera aplicada correctamente para todos sus súbditos. Igualmente se prohibió que abogados, procuradores, escribanos o cualquier otro letrado les cobrasen derechos u honorarios. Se creó la figura del Agente de Indios que representaba a los indios y les defendían e informaban de las leyes tanto en español como en nahuatl.
Esta institución jurídica tuvo gran éxito en Nueva España y por ello el nuevo virrey del Perú, Luis de Velasco, hijo, lo implantó también en este virreinato en el año 1603 bajo el nombre del Juzgado de Indios del Cercado de Lima.
El Juzgado General de Indios funcionó de forma habitual hasta su abolición en el año 1812 por las Cortes de Cádiz que aprobaron la “Igualdad de derechos de los españoles europeos y ultramarinos” a quienes se les consideraba miembros de una única monarquía, una única nación y una única familia, quedando los nativos americanos en plano de igualdad con los españoles y los criollos que contaban con más recursos. Así es el liberalismo.