Una de las características principales de la colonización española del Nuevo Mundo fue el paulatino traspaso de instituciones castellanas a estos nuevos territorios. En Castilla funcionaba desde los primeros años del reinado de los Reyes Católicos el Real Tribunal del Protomedicato, institución médica cuyo objetivo era el de cuidar el ejercicio de las profesiones médicas así como ejercer una función docente y atender la formación de estos profesionales tratando con ello de garantizar un correcto tratamiento médico de los ciudadanos.

Su creación se institucionaliza en la Real Cédula del 30 de marzo de 1477 y en 1579 Felipe II emite una pragmática que la reforma en múltiples aspectos y la implanta en el Nuevo Mundo:
“Deseamos que nuestros vasallos gocen de larga vida y se conserven en perfecta salud. Tenemos a nuestro cuidado proveerlos de médicos y maestros que los enseñen y curen en sus enfermedades, y a este fin se han fundado cátedras de medicina y filosofía en las universidades más principales de las Indias”.

Cuando se estableció el Protomedicato en el Nuevo Mundo, este tribunal vino a llenar un vacío importante por cuanto hasta entonces la atención a la salud de los habitantes se regía por el más primitivo empirismo. En forma perentoria se legisló en el sentido de que sólo podrían ejercer su oficio los médicos, cirujanos, barberos y boticarios que hubiesen sido aprobados por el tribunal protomédico, se vigilaban sus praxis y se actuaba en caso de daños a los pacientes. Los primeros tribunales fueron instituidos en Perú y México.

El Protomedicato, como toda función pública, contaba con su oficina. El protomédico era asistido por un escribano y un promotor fiscal. Esta fue la planta básica en la mayor parte de su historia. Más tarde contaba con un protomédico, dos examinadores, un examinador de farmacia y visitador de medicina y boticas, un asesor, un fiscal y un escribano. El escribano era nombrado por el protomédico y debía ser persona “hábil, suficiente y en quien concurrían las partes y calidades que requerían ”. En algunos casos era el mismo escribano público y de cabildo.

Antes de posesionarse, debía hacer el juramento acostumbrado ante el protomédico, teniendo el cuidado de ser “diligente y no cargoso en los negocios”. El fiscal era también nombrado por el Protomedicato y “debía averiguar en la ciudad y demás partes de este distrito” por personas que incurrieran en delitos contra la salud. Promovía querellas y denuncias ante el tribunal.

Generalmente, una vez se iniciaba la causa el protomédico expedía auto para que dentro de un término presentara los títulos y licencias y en el entretanto quedaba en suspenso para poder ejercer. El mismo promotor fiscal inició otra causa contra las “muchas personas así hombres como mujeres que contra las leyes reales curan de todas las enfermedades”. En su celo llegó a solicitar que se visitaran los curanderos y las curanderas de las diversas villas y ciudades. Este era un caso en el cual la iniciativa personal de un funcionario iba en contra del modus vivendi que tuvieron que aceptar las autoridades con los curanderos.

En algunos casos el protomédico comisionaba temporalmente a otras personas, quienes hacían las veces de tenientes de protomédico. Esta circunstancia se presentaba cuando se realizaban visitas por fuera de la ciudad, con la facultad para iniciar causas y tornar con los títulos dudosos para que el mismo protomédico dictaminara.

Los nombramientos para optar el cargo de protomédico eran concedidos principalmente a personas con las suficientes letras, virtud y ciencia en la facultad médica. Eran graduados que mínimamente habían optado el grado de bachilleres ( era indispensable para ingresar a la facultad el haber cursado filosofía), y con varios años de práctica.