La conquista del Perú no significó la paz, la riqueza y el disfrute para sus conquistadores ni para la corona castellana, más bien al contrario, no trajo más que problemas, disgustos y enfrentamientos entre los mismos españoles.  Aunque oro sí que aportó a las exhaustas arcas castellanas. Esta conquista fue financiada por tres socios: Francisco Pizarro, Diego de Almagro y el sacerdote Hernando de Luque, si bien hubo un cuarto financiador, el Licenciado Espinosa, que por motivos desconocidos prefirió permanecer en el anonimato, pero fue el que más recursos aportó.

Un vez lograda la conquista se procedió al reparto del poder político y económico entre estos socios mediante las las capitulaciones de Toledo firmadas y probadas por el rey Carlos I. En ellas se premiaba ampliamente a Pizarro pero a Diego de Almagro y Hernando de Luque tan solo se les hacían leves concesiones, si bien, éste último obtuvo el arzobispado que tanto deseaba y quedó satisfecho. Pero el principal motivo de discordia y lo que provocó el enfrentamiento abierto entre ambos fue la mala definición de los territorios que se asignó a los dos conquistadores para su gobernación. A Pizarro se le asignó 270 leguas hacia el sur empezando a contar desde el pueblo de Teninpulla o Santiago, gobernación de Nueva Castilla,  y a Almagro 200 leguas a empezar a contar desde el límite sur de ésta, que sería Nueva Toledo.

Almagro reclamaba que la ciudad del Cuzco entraba dentro de su gobernación mientras Pizarro defendía lo contrario. Acordaron enviar emisarios a Castilla y que fuera el rey el que decidiese. Hernando Pizarro, uno de los emisarios, logró ampliar en 70 leguas hacia el sur Nueva Castilla lo que hacía que Cuzco estuviese dentro de sus límites. Pero antes de que Hernando regresase al Perú Almagro partió hacia el sur a tomar posesión de los territorios capitulados e inició la conquista de Chile quedando el asunto y los pleitos suspendidos.

La misión en esas lejanas tierras fue un absoluto fracaso. No encontraron ninguna riqueza inmediata, allí no había oro ni plata, a lo que se sumaba la belicosidad de los nativos que no permitirían establecerse a los intrusos. Desistieron. ¿Pero entonces qué harían ahora? Los hombres de Almagro le convencieron, no sin esfuerzo, de que Cuzco era suyo y debía de seguir reclamándolo, de esta manera obtendrían sus riquezas y un lugar donde establecerse inmediatamente.

Almagro y sus hombres, al mando del capitán Rodrigo Ordóñez, marcharon sobre Cuzco. Antes de llegar se enfrentaron en la batalla de Abancay contra un ejército de 500 hombres al mando de Alonso de Alvarado, que había sido enviado para salvar a los españoles que quedaban en Cuzco del asedio de Mano Inca y cuando llegaron allí se encontraron con que Almagro estaba en la ciudad y había apresado a los hermanos Hernando y Gonzalo Pizarro. Los ejércitos estaban más o menos igualados en número y armamento pero uno de los capitanes de Alvarado, Don Pedro de Lerman, desertó y se llevó al bando almagrista unos 50 hombres que fueron decisivos. También Almagro logró una alianza con un poderoso inca llamada Paullu Inca, que aportó 10000 hombres auxiliares que no entraron en hechos de armas, pero aportaron su apoyo desde retaguardia.  En una breve batalla los hombres de Almagro lograron tomar el puente del río que defendía Alvarado y su inmediata rendición.

Enterado Pizarro de la invasión cuzqueña de Almagro y el resultado de la batalla de Abancay en vez de lanzarse abiertamente a la guerra intentó parlamentar con el rebelde. Su hermano Hernando aún seguía prisionero y podía correr peligro.  El gobernador envió a varios procuradores que lograron fijar una reunión entre los dos contendientes en el pueblo de Mala, en la costa peruana, pero no tuvieron éxito. Tras varios encuentros más Pizarro logró liberar a su hermano Hernando que rápidamente se puso al frente del ejército para terminar con los almagristas. El 6 de abril de 1538 tuvo lugar el encuentro entre ambos ejércitos en las antiguas salinas indias de Cachipampa, situadas a 5 kilómetros al sur de Cuzco.  Almagro disponía de 500 hombres, siendo la mitad caballería, y los pizarristas sumaban 700 hombres, la mayoría de infantería. Tan solo les separaba un pequeño riachuelo enfrentándose en una dura y sangrienta batalla entre hermanos.

El resultado de la misma fue la derrota de Almagro y su ejecución en Lima. Estos hechos fueron condenados por la corona que ordenó el arresto de Hernando Pizarro, que fue encarcelado en el castillo de la Mota, en Medina del Campo (Valladolid – España), en donde permaneció encerrado 23 años.

Esta primera guerra civil entre conquistadores españoles dejó una semilla que estallaría poco más tarde entre el hijo de Almagro, Diego de Almagro el Mozo, y  los pizarristas, abriendo un período de luchas y batallas intestinas por el poder en el Perú.