Nos habíamos quedado en la captura y muerte de Atahualpa y la caída de Cuzco. Normalmente si se habla de la Conquista del Perú este sería el punto final ya que el inca había caído pero eso no es del todo cierto. En el momento que Atahualpa y Huáscar desaparecieron Pizarro intentó restaurar la normalidad nombrando a un nuevo inca que aceptase la soberanía del rey español, primero con Túpac Huallpa y después con Manco Inca Yupanqui, pero, como era de esperar, esos nuevos incas no fueron aceptados por los antiguos generales quiteños: Quizquiz y Rumiñaui, que estaban al servicio de Atahualpa y continuaron luchando contra los invasores y sus aliados nativos. Por lo que hasta que estos ejércitos no fueron derrotados no puede decirse que quedó completada la conquista del Perú, ya que el reino de Quito había sido incorporado al Tahuantinsuyo solo unas décadas antes de llegar los españoles.

Para completar esta conquista Pizarro envió al capitán Sebastián de Benalcázar hacia el norte, hacia Quito, si bien dicha expedición no solo tenía la intención de vencer a estos últimos ejércitos quiteños sino también frenar una gran expedición de Pedro de Alvarado que había salido desde Nicaragua oficialmente con destino a las islas de poniente. Pero las noticias que llegaron de la conquista del Perú y sus riquezas le hicieron cambiar de planes y trataron de aparentar que iban al lugar descrito en las capitulaciones de esa expedición pero realmente tenían la intención de marchar sobre Quito ya que, según el capitán Alvarado, ésta no entraba dentro de la jurisdicción de 200 leguas hacia el sur de la Nueva Castilla de Pizarro. Además hay que tener en cuenta que era sabido que el famoso rescate de Atahualpa no había recibido ni un gramo de oro de su tesoro en Quito, por lo que éste debería de estar escondido en algún lugar de dicha ciudad. Todo un caramelo para cualquier conquistador.

Benalcázar, teniente de San Miguel de Piura,  partió de dicha ciudad el 18 de febrero de 1534 al mando de 150 jinetes, 80 infantes y un buen número de tallanes, nativos aliados de la zona de la isla del Gallo. Siguieron el camino incaico pero aún así la marcha resultaba muy difícil y dura, tenían que atravesar zonas montañosas muy elevadas, algunas sobrepasaban los 3600 metros de altura. Por el camino se aliaron también con los Cañares, tribu vecina de Quito que había sufrido ejecuciones masivas por parte de Atahualpa por haber apoyado a Huáscar en la guerra civil incaica. La llegada de los españoles y sus aliados nativos suponía una nueva esperanza a este pueblo indígena, que no dudó en aliarse a ellos para derrotar a los quiteños.

En su ruta tuvieron lugar varias batallas de distinta magnitud contra el ejército de Rumiñaui siendo la más grande y famosa la batalla de Tiocajas. En ella tras varias cargas de los incas, que superaban ampliamente en número a los españoles y aliados nativos, vio Benálcazar que no iba a ser posible destruir tan gran ejército por lo que consideró que lo mejor y más sensato era evitarlo rodeándolo por un sendero que un nativo le indicó y que podrían recorrer fácilmente por la noche y así evitar a los quiteños. Ejecutado el plan se encontraron con que tras recorrer dicho sendero lograron una posición estratégica perfecta para realizar un ataque sorpresa contra Rumiñahui. Lo atacaron y lograron un gran rescate en provisiones, llamas y mujeres. Esta victoria les abría el camino hacia una de las ciudades más importantes del Reino de Quito: Riobamba .

Prosiguieron la marcha hacia dicha ciudad. El camino estaba sembrado de trampas: hoyos grandes con estacas puntiagudas, cubiertos por cañas delgadas y hierba, y miles de hoyos menores pegados unos a otros para quebrar las patas de los caballos. Tras diversos encuentros y pequeñas escaramuzas con las tropas de Rumiñahui en puntos estratégicos (pasadizos entre montañas, cruces de caminos, puentes, etc) lograron llegar a Riobamba y tomarla el 3 de mayo de 1534. Era una ciudad con buenos edificios de piedra y allí reposaron durante varias semanas.

El general Rumiñahui y sus soldados se retiraron hacia Quito para allí montar una defensa que frenase a las tropas de Benalcázar, pero en su camino hizo erupción el volcán Cotopaxi lo que fue considerado como un mal presagio por sus soldados. Las supersticiones a veces eran más mortales que las propias armas y provocaron una deserción en masa de sus tropas. Según una leyenda nativa una erupción de este volcán iba a ser el anuncio del fin del imperio inca, pero el general Rumiñahuí, convencido de su lucha, no se rindió y aplicó la táctica de tierra quemada arrasando y quemando todo lo que pudo para no dejarlo en manos de su enemigo. En Quito ardieron todos su palacios y edificios más importantes y escondió el tesoro de Atahualpa para que los españoles no se lo pudiesen llevar. Finalmente fue abandonado por sus propias tropas y huyó a la selva de donde nunca más se supo de él. La arrasada ciudad de Quito fue tomada por Sebastián de Benalcázar el 24 de mayo de 1534, Pascua del Espíritu Santo y se celebró la primera misa en la ciudad.

Todo esto ocurría en Quito, pero mientras tanto al sur, en la ciudad de Tumebamba, el otro general quiteño, Quizquiz, que había llegado desde Jauja,  impedía el avance de una nueva tropa española al mando de Almagro que había salido también de San Miguel de Piura para apoyar las acciones de Benalcázar o, más bien, para evitar que éste se uniese a Alvarado en contra de Pizarro. Los chismes y sospechas eran algo habitual.

El capitán Almagro llegó a Quito y ordenó evacuarla ante la inminente llegada de Alvarado. Se encontraron en Santiago de Quito en donde se pudo ver la decepción del mismo Alvarado por comprobar que en Quito no había lo soñado y sus hombres tampoco estaban para muchas alegrías después de un durísima expedición y varios enfrentamientos con ejércitos quiteños. Finalmente y para evitar un enfrentamiento entre españoles se llegó a un acuerdo por el cual Almagro le compraba a Alvarado los navíos, los créditos reales y los derechos que poseía para enviar expediciones a las islas de poniente. Todo por 100.000 pesos castellanos, una fortuna en la época pero no tanto para un Alvarado que pensaba rentabilizar mucho más el haber constituido una de las mayores expediciones que se vieron en el Nuevo Mundo: 500 hombres, 260 caballos y miles de nativos embarcados en 12 navíos de alto tonelaje.

Resuelto el problema de Alvarado y tras unos pocos meses de batallas y escaramuzas contra generales y mayordomos quiteños como Rumiñaui, Zocozopagua y Quizquiz se consiguió sojuzgarles a finales de 1534 y dar por concluida la conquista del Perú. Fue fundada la ciudad de Santiago de Quito a mediados del mes de agosto para  posteriormente trasladarla más al norte y fundarse la ciudad de San Francisco de Quito el 6 de diciembre de 1534 por Sebastián de Benalcázar, en donde se situó el centro político administrativo del nuevo territorio conquistado.

Uno de los caciques derrotados y capturado por los hombres de Benalcázar fue Taconango que había llegado para apoyar a los quiteños desde las tierras más al norte, es decir, la actual Colombia y les habló de las muchas riquezas que había en esas tierras y de otras muchas grandezas. Desde aquí partirían nuevas expediciones para la conquista de la actual Colombia y la búsqueda de El Dorado por los inmensos ríos amazónicos.