Con las noticias de existencia de oro que trajeron Alonso de Ojeda y Gorbalán Cristóbal Colón quedó más tranquilo.Parecí­a que sus planes iban tomando forma a pesar de que aún no veí­a ni una sola señal de lo visto y narrado por Marco Polo en sus relatos de la magní­fica y riquí­sima Asia.

Además lo que se suponí­a que era una expedición destinada a enriquecer a Castilla no sólo no habí­a encontrado nada realmente importante sino que los materiales y abastecimientos que habí­a llevado se estaban agotando. No tuvo más remedio que hacer zarpar a doce de los diecisiete buques de vuelta a Cádiz, capitaneados por Antonio de Torres, para que armasen una nueva flota con nuevos pertrechos y así­ de paso también se libraba de un buen número de posibles oponentes y reducí­a drásticamente las necesidades de la ciudad. De momento los viajes de Colón les seguirí­an costando dinero a Castilla y a sus inversores.

Pero Colón trató de maquillar los resultados obtenidos con nuevas promesas y buenos augurios utilizando las observaciones de Ojeda como garante del éxito. Redactó un memorial en el que solicitaba a los reyes todo aquello que consideraba necesario para el éxito de la misión y ante la escasez del oro encontrado, insinuaba la posibilidad de utilizar a los indios “malos”, es decir, los indios caribes, enemigos de los indios “buenos”, los taínos, como esclavos para comenzar a obtener réditos inmediatos. Esta idea no gustó nada a la reina Isabel, que consideraba a todos los indios como súbditos de la corona, y por ello, personas libres.

El ambiente en la Isabela cada vez era peor. Los caballeros, artesanos, labradores, etc, que habí­an soñado con encontrarse la tierra prometida por Colón repleta de riquezas se habí­a convertido en una tierra dura que habí­a que transformar y trabajar dí­a y noche. Las enfermedades comenzaron a hacer mella en ellos y la desesperación por ver que todas sus ilusiones se iban al traste enturbiaron la confianza y la popularidad del Almirante, al que empezaban a acusar de mentiroso y de haberles traí­do mediante engaños a semejante situación.

La primera rebelión contra Colón tuvo lugar pocas semanas meses después de la llegada a la Isabela. A finales de febrero de 1494 Bernal Dí­az de Pisa, contador del segundo viaje, tras la marcha de la flota de Antonio de Torres formó una facción que, aprovechándose de la enfermedad de Colón, pretendí­a tomar una de las cinco naves que quedaron en La Isabela y así­ volver a Castilla donde acusarí­an a Colón de mentiroso y manipulador.

Colón descubrió el complot y mandó arrestar a los cabecillas, que fueron confinados en una de las naves. Todas las armas y municiones existentes fueran almacenadas en la nave capitana para una mejor vigilancia de las mismas y que no pudieran ser utilizadas contra él. Asimismo fueron encontrados diversos escritos de los rebeldes contra Colón, en los que se criticaban sus ideas y su forma de administrar la ciudad. Tení­an la intención de entregarlos en Castilla como prueba documental para enjuiciarle.

Este fue el inicio de cierta animadversión de los colonos contra el almirante, sentimiento que también llegó a Castilla, donde la fama del Almirante comenzó a decrecer.