En el año 1484 Córdoba se convirtió en el centro de las operaciones de los ejércitos castellanos en la Guerra de Granada. Dichos ejércitos tenían una magnífica organización que cubría sus necesidades más importantes, como era el abastecimiento, el mantenimiento de las piezas de artillería, una auténtica sanidad militar donde tratar y recuperar a los soldados heridos, ingenieros militares, pontoneros y albañiles que preparaban las zonas por donde iban a pasar para un mejor y más hábil movimiento e incluso para reparar zonas, principalmente urbanas, dañadas por los enfrentamientos.
En la campaña de este año 1484 no hubo muchos avances, el ataque se centró en la región malagueña en donde cayó Alora y en un internada por tierras granadinas conquistando la plaza de Setenil.
Caída de Ronda, Marbella y Cambil en 1485
En 1485 es tomada Ronda, bastión vital ya que abría el camino hacia Málaga y a mediados del año caen Marbella y Cambil (Jaén). Como siempre solía ocurrir las derrotas musulmanas venían acompañadas del descrédito del sultán de turno frente a sus súbditos, lo que animaba a sus enemigos locales a lanzarse contra él y conseguir el poder total y unificado de Granada.
Guerra civil en el reino Nazarí
Así ocurrió con Abulhasán que volvió a enfrentarse con Boabdil cayendo derrotado y abdicando en El Zagal, que entró en Granada triunfal tras encontrarse accidentalmente por el camino con un grupo de caballeros de Alcántara a los cuales venció y decapitó, mostrando sus cabezas a la entrada de la capital del reino nazarí. El Zagal intentó capturar a Boabdil pero este consiguió huir a Córdoba a pedir auxilio a su aliado secreto cristiano. Le fueron entregadas tropas y armas para que regresase a Granada a vencer a El Zagal, cosa que consiguió sólo en parte, quedando de nuevo el reino dividido en dos. El Zagal gobernaba en la Alhambra dominando Almería, Málaga, Vélez-Málaga y la Alpujarra, mientras Boabdil se quedaba con las ciudades fronterizas.
Caída de Málaga en 1487
En el año 1487 el papa concede la bula de Cruzada a esta guerra, legitimizándola desde el punto de vista religioso y político. En verano cae Málaga, puerto vital a través del que los musulmanes recibían refuerzos y apoyo logístico desde el norte africano, asediada desde el mar por la armada castellana y aragonesa. El pasmo y la desesperación que produjo esta derrota entre los granadinos fue tal que haciendo uso de la diplomacia los castellanos lograron la rendición de numerosas ciudades y comarcas, como por ejemplo Guadix, Baza y Almería, entregadas por El Zagal a cambio de conservar el título real, sus tierras, vasallos y una buena renta anual. Poderoso caballero es don dinero y don privilegios.
Caída de El Zagal
En principio la rendición de El Zagal debió de suponer el final de la guerra pero Boabdil no cumplió su compromiso con los reyes castellanos por la presión que los musulmanes más fanáticos y exaltados le imprimían. Estos elementos se habían concentrado en la capital granadina huyendo de las campañas enemigas y no aceptaban una rendición, es más, hacían constantes llamadas a la guerra santa contra el infiel. Ante esta tesitura Boabdil temió por su vida si se atrevía a mostrar la más mínima pleitesía u obediencia hacia los reyes, por lo que optó por el silencio.
Construcción del campamento de Santa Fe cerca de Granada
Ya prácticamente sólo quedaba la ciudad de Granada y su entorno en poder de los musulmanes, que se veían acosados más de cerca al ser construido el campamento de Santa Fé, desde la que Fernando e Isabel dirigirían la etapa final de la guerra. La construcción de este campamento de piedra y ladrillo duró tan sólo 80 días y no sólo fue una gran hazaña militar y arquitectónica sino un duro golpe psicológico para los granadinos, que veían en esta operación la intención inequívoca de que el sitio de Granada duraría mucho tiempo y los cristianos serían implacables, como fueron con los sitiados que no se rindieron en Málaga vendidos como esclavos.
Viendo la que se les venía encima varios cortesanos musulmanes mantuvieron contactos secretos con Hernando de Zafra, secretario de los reyes, redactándose la capitulación. Los jerarcas islámicos sabían que esta rendición no sería bien acogida en Granada por lo que los reyes católicos iniciaron toda una campaña publicitaria para convencerles, enviando una carta a sus alcaldes y demás cargos municipales en la que se exhortaba al pueblo granadino a rendirse a cambio de unas condiciones sumamente ventajosas y evitar el castigo que sufrieron los malagueños. De aquí surgió el Tratado de Granada.
Un invierno extremadamente duro impidió el adecuado abastecimiento provocando el hambre en una ciudad tan superpoblada, lo que llevó a que Boabdil se rindiese a cambio de respetar las vidas y las haciendas de los rendidos, así como a su religión y leyes.
El 2 de enero las tropas castellanas tomaron posesión de los puntos vitales de Granada a petición expresa de Boabdil que veía un serio peligro de alzamiento entre su pueblo, dando por finalizada la guerra de Granada y siendo absorbido dicho reino en su integridad por Castilla.