El 2 de julio de 1502 llegó la tormenta que había vaticinado Cristóbal Colón durante su cuarto viaje al Nuevo Mundo y avisado a Nicolás de Ovando. Aquel se había refugiado en el puerto de Ázua, unos 100 km más al oeste de Santo Domingo, casi en Jaragua. Pudiendo sobrevivir sin mayor problemas a pesar de que un par de carabelas fueron arrastradas mar adentro pero sin mayores consecuencias. Finalmente consiguieron reunirse y proseguir con su viaje hacia Cuba.
Una de las peores consecuencias de este huracán fue el hundimiento de una flotilla de diez o doce naves que acababa de salir de Santo Domingo y en la que viajaban de vuelta a Castilla Bobadilla y Francisco Roldán, entre otros. También se perdió importante documentación del gobierno de Bobadilla, incluída la residencia que le practicó Ovando por orden de los reyes. Esta es la causa de que en la actualidad no se conozcan muchos documentos que narren aquellos quince meses de gobierno del sustituto de Colón, aunque sí han quedado registrados muchos de los hechos en los distintos pleitos que se plantearon con posterioridad.
La capital de la Española, Santo Domingo, quedó arrasada. El huracán destruyó completamente los cuarenta y cinco bohíos y las pocas construcciones de piedra que existían, la fortaleza y poco más. Los españoles, que jamás habían visto una tormenta de semejante calibre quedaron absolutamente perplejos, y no menos también el nuevo gobernador, Nicolás de Ovando, que tuvo que empezar a construir de nuevo la ciudad.
En aquellos momentos la ciudad se encontraba en el margen oriental del río Ozama. Su emplazamiento había despertado ciertas polémicas ya que para llegar a la ciudad desde la otra orilla los que venían de las minas de Haina y de San Cristóbal tenían que cruzar en barca, lo cual era bastante incómodo y además tenían que pagar la tasa correspondiente por el uso de la barca, por lo que el asunto les tocaba el bolsillo.
Aprovechando esta completa destrucción Ovando, tras consultarlo con sus vecinos, decidió reconstruirla en la orilla occidental, facilitando el acceso a la misma pero tenían el problema del suministro de agua, la fuente que utilizaban estaba en la antigua orilla y por una tiempo tuvieron que transportar el agua en grandes tinajas cruzando el Ozama, pero al poco se descubrió otra fuente de agua en esta orilla occidental y el asunto quedó solucionado.
La construcción de la nueva ciudad fue la primera muestra del urbanismo colonial que tan bellas y espectaculares ciudades produciría en todo el continente. Ovando trazó a cordel las nuevas medidas y realizó una división en cuadrícula, eligió cuáles serían los lugares públicos para fortaleza, cabildo, hospital, iglesia y demás y procedió a repartir el resto de solares para que cada uno y dentro de sus posibilidades se construyera su casa.
Esta vez muchos de los vecinos eligieron construir sus casas de piedra en vez de hojas y maderas; en la zona fueron descubiertas varias canteras con buen material para la construcción facilitándoles la tarea. Con este armazón sus viviendas aguantarían mejor las acometidas de las tormentas y huracanes que batían la zona a menudo. Y gracias a ello aún hoy podemos admirar esas construcciones en la Ciudad Colonial del actual Santo Domingo.