50 años después del intento colonizador de Ponce de León la Florida seguía sin contar con un puesto o fuerte español que asegurase sus costas contra cualquier intento de establecerse en la zona de otra potencia. Los franceses e ingleses cada vez enviaban más barcos y piratas y tratarían de aprovechar cualquier oportunidad de socavar y resquebrajar la aún sólida soberanía española sobre tierras americanas. Lo difícil del terreno, la hostilidad constante de los nativos y los brutales huracanes que sacudían sus costas siempre daban al traste con cualquier intento colonizador. Lo mismo ocurrió con Hernando de Soto y con Pánfilo de Narváez. Grandes expediciones, con grandes esperanzas que terminaron exterminadas y arrasadas.
Tras estas importantes expediciones fracasadas no fue hasta 1558 en que se volvió a intentar la proeza de establecerse en la Florida. Fue el 2º virrey de Nueva España, Don Luis de Velasco, el que se lanzó a la aventura. Encargó al capitán Guido de Lavazares armar una flota de 3 buques y 60 marineros y explorar puertos, bahías y señalizar accidentes geográficos desde el río de las Palmas hasta los cayos de Florida. Esta misión, que partió el 3 de septiembre de 1558, no era militar ni conquistadora, era exploradora y con el requisito imprescindible de entablar relaciones cordiales con los nativos.
Tras varios días de tranquila navegación desembarcaron en la bahía de San Francisco, hoy Matagorda Bay, en donde se tomó posesión de esas tierras en nombre del rey de España. Continuaron viaje hacia el este pero un huracán y diversas tormentas les enviaron hacia el interior del golfo de México y a duras penas lograron llegar a la bahía de Mobile a la que llamó Bahía Filipina en honor al rey Felipe II. Regresaron a México con buenos datos sobre las costas de Texas hasta Pensacola que una vez analizados por el virrey le llevaron a preparar una nueva expedición pero esta vez colonizadora y tratar de conseguir lo que nadie había conseguido aún: crear una colonia estable en la Florida.
Esta nueva aventura fue encargada al capitán Tristán de Luna y Arellano, soriano nacido en 1510, hombre experimentado y muy buen conocedor de las Indias. El tamaño de la expedición era muy superior a la predecesora: 13 barcos, 1500 personas entre soldados y colonos de distintas profesiones, y material de construcción, equipo, herramientas y municiones para un año.
Partieron de Veracruz el 11 de junio de 1559 con destino a la Florida. La idea era colonizar en la bahía Filipina pero decidieron hacerlo algo más cerca de México en la bahía de Ochuse, probablemente la actual bahía de Pensacola. Allí llegaron un par de semanas después y anclaron las naves en la bahía. Tristán envió dos galeones a España para informar de las nuevas noticias y reclutar nuevos colonos, otro galeón a México con el mismo objetivo y a los capitanes Alvarez Nieto y Gonzalo Sánchez a explorar el país y entrevistarse con los nativos para ver sus predisposición a colaborar o no. Uno de los objetivos era abrir una vía terrestre con Santa Elena, en la cosa atlántica, para vigilar las maniobras de otras paises europeos por la costa este americana.
Tras averiguar que la región estaba prácticamente deshabitada procedieron a fundar Santa María Filipina y a organizar expediciones de exploración de la zona. Todo parecía ir de maravilla pero el 19 de septiembre de 1559 las cosas empezaron a torcerse y un brutal huracán arrasó con todo lo que habían construido y con la flota estacionada en la bahía. Se perdieron 7 barcos, numerosos colonos murieron y también se perdió gran parte del material y equipo necesario para la construcción de la colonia. Resignados y frustrados abandonaron el lugar y fueron en búsqueda de los buques que habían partido hacia el oeste y enviaron uno de los buques supervivientes a La Habana a solicitar ayuda.
El virrey, conocedor de lo ocurrido, envió rápidamente dos buques de apoyo antes de que llegase el invierno y gracias a eso pudieron sobrevivir pero llegando la primavera casi no les quedaban provisiones y el hambre y las enfermedades se extendieron. La tribu india Coosa les ayudó y a cambio los españoles se aliaron con ellos para vencer a la tribu rival Napochie. La mayoría de colonos quería volver a México pero Tristán de Luna se había comprometido con los nativos y no quería abandonarlos por lo que amenazó con la horca a todo aquel que insinuase el dejar la maltrecha colonia. El futuro de la colonia recién creada era muy negro.
A pesar de estos desastres la colonia española sobrevivió más mal que bien pues estaban agotados y casi sin suministros. El virrey Velasco no quería perder esta oportunidad y para apuntalar la colonia envió al capitán Villafañe para sustituir a Tristán al frente de la colonia de Pensacola pero de nuevo un traicionero huracán arrasó su flota y lo único que pudieron hacer fue quemar lo que quedaba en pie de la misma y evacuarla. Haber dejado allí materiales y construcciones sin la posibilidad de mantenerlos y defenderlos habría sido entregar la colonia al enemigo.
Aquellos intentos fueron los últimos de establecer una colonia en la Florida, no sería hasta 100 años después que se volvería a abordar este espinoso asunto debido al acoso y cada vez mayor presencia francesa y anglosajona en la zona. Perder la Florida supondría un riesgo altísimo para las Antillas y las flotas de Indias que partían de La Habana en dirección a España.