Vasco Núñez de Balboa, pacense de Jérez de los Caballeros, había recorrido las costas caribeñas en 1501 con Rodrigo de Bastidas. Con los beneficios que obtuvo en ésta expedición compró varias propiedades en la Española en donde ejerció como un granjero más sin grandes pretensiones aventureras pero las cosas no le salieron bien, empezó a acumular problemas y deudas.
Su situación financiera llegó a ser desastrosa, los acreedores le acosaban constantemente por lo que al final decidió aplicar unos de los mejores métodos que hay para esquivar las deudas: desaparecer. Estando en Santo Domingo una noche se coló como polizón en uno de los barcos que formaban parte de la expedición que capitaneaba Martín Fernández de Enciso con el objetivo de llevar abastecimientos y armas a Alonso de Ojeda, que en aquel momento estaba pasándolo bastante mal en San Sebastián de Urabá. Como dijimos ya en otra entrada, Enciso le descubrió y en vez de castigarle, muy prudentemente le utilizó en beneficio de la expedición por su experiencia previa.
Llegaron a Cartagena en donde se encontraron con Francisco Pizarro y los pocos supervivientes de la expedición de Ojeda que abandonaron el poblado de San Sebastián en vista de que ni éste ni Enciso llegaban para socorrerles.
Juntas ambas expediciones partieron hacia San Sebastián pero Balboa recomendó no establecerse ahí sino en el otro lado de la costa del golfo de Urabá. Ya estuvo en ese lugar con Bastidas y le pareció un sitio idóneo. Llegados al emplazamiento elegido tuvieron que enfrentarse al cacique Cémaco al que vencieron no sin grandes padecimientos y fundaron la población de Santa María la Antigua del Darién.
Todas estas acciones poco a poco iban dando más carisma y autoridad a Balboa entre sus compañeros y por el contrario Enciso la perdía a pasos agigantados, además de que tomó ciertas medidas respecto del reparto del oro encontrado que fueron motivo de protesta por parte de los colonos. Enciso no había caído en que donde habían construido la nueva población estaba dentro de la jurisdicción de Veragua , la gobernación de Diego de Nicuesa, y por lo tanto él como Alcalde Mayor de Ojeda no tenía ningún poder legítimo. Esto lo aprovechó muy hábilmente Balboa convocando el cabildo y proponiendo que Enciso fuese expulsado y él elegido Alcalde. Medidas que fueron adoptadas inmediatamente. Subieron al ex-alcalde Mayor a una nave y fue enviado a España. Medida un tanto contraproducente porque, como se vería posteriormente, Enciso una vez en Castilla actuó contra Balboa generando un mal ambiente contra él y lo que es peor, generando la inadmersión inicial del rey Fernando.
Pasados unos meses la situación de la colonia no era buena, las enfermedades y el hambre comenzaron a hacer mella en sus pobladores. Casualmente arribaron por allí dos barcos con provisiones comandados por Rodrigo de Colmenares, lugarteniente de Nicuesa, el cual viendo el mal estado en que se encontraban les sugirió que aceptasen al gobernador como legítimo regidor antes de que éste se enterase de que había una población en sus tierras sin su permiso. En un principio Balboa y los demás accedieron, ello supondría normalizar la situación y probablemente de alguna manera saldrían beneficiados.
Informado Nicuesa envió al Darién a varios soldados y un veedor llamado Juan de Quinceda que fueron como avanzadilla. Este veedor informó a los colonos de que a Nicuesa no le había hecho mucha gracia lo ocurrido y de forma unilateral había nombrado a un nuevo alcalde y nuevos regidores para el Darién que llegarían en los siguientes días junto a él. El conflicto estaba servido, rápidamente se reunieron y decidieron no permitirle realizar su voluntad. Cuando llegó al Darién sólo se le permitió desembarcar fuera de la población y posteriormente fue subido con otros pocos soldados en una nave manipulada para que se hundiese en alta mar. Después de ese día nunca más se supo de Nicuesa.
Automáticamente Balboa fue nombrado gobernador de la provincia del Darién por sus subordinados y confirmado por el virrey Diego Colón desde Santo Domingo, contento con lo que había ocurrido ya que Nicuesa y Ojeda fueron los elegidos por el rey en contra de su voluntad. Igualmente, el rey Fernando, confirmó a Balboa el 23 de diciembre de 1511 en su cargo.